A prova teórica contempla um conjunto de 100 questões objetivas e 5 dissertativas. A aplicação acontece no mesmo dia, porém em períodos distintos. Pela manhã, todos recebem a prova com perguntas de múltipla escolha. À tarde, vem a prova discursiva.

Todas as questões versam sobre conhecimentos acerca de procedimentos e protocolos que os médicos aprenderam ao longo do curso. Entre os temas comuns, destaque para:

ginecologia;
obstetrícia;
clínica médica;
pediatria;
cirurgia;
medicina da família;
saúde pública.

Aqueles que forem aprovados são submetidos à próxima fase, caracterizada pela realização de 10 anamneses relacionadas a casos simulados.

É importante salientar que, de forma parecida com uma banca de vestibular, o Inep (órgão encarregado de gerir o Revalida sob supervisão do MEC) forma uma comissão para a concretização do exame. A essa equipe é atribuída a tarefa de selecionar as questões da prova. Para tanto, ela tem acesso a um banco de dados específico do Revalida.

Com relação à nota de corte, o exame também conta com outra comissão, desta vez constituída por docentes que não tenham qualquer relação com a escolha das questões. Cabe aos professores avaliar cada item, a fim de conceder um prognóstico relativo à probabilidade de acerto dos candidatos.

Após a obtenção de uma média de respostas certas, é possível inseri-la no cálculo final da média total de acertos. A partir daí, tem-se a nota de corte, que oscila conforme o contraste entre a dificuldade das questões e a qualidade da preparação dos participantes.